CAP3 Với

CAP3 with là một chương trình lắp ráp trình tự dành cho BAC dựa trên mao dẫn bao gồm một số cải tiến và tính năng mới. Nó có khả năng cắt các vùng đọc chất lượng thấp 5' và 3', sử dụng các giá trị chất lượng cơ bản để tính toán sự trùng lặp giữa các lần đọc, xây dựng nhiều sự sắp xếp trình tự của các lần đọc và tạo các chuỗi đồng thuận.

Sử dụng PHRED cho các giá trị chất lượng

Không giống như nhiều chương trình hợp ngữ trình tự khác, CAP3 sử dụng các giá trị chất lượng cơ bản do PHRED tạo ra (Ewing et al. 1998). Các giá trị chất lượng cơ sở này được sử dụng để tính toán sự trùng lặp giữa các lần đọc, tập hợp nhiều lần sắp xếp trình tự của các lần đọc, xây dựng trình tự đồng thuận và sửa lỗi trong quá trình lắp ráp.

Việc sử dụng một số lượng lớn các ràng buộc tiến-lùi để định vị và sửa lỗi lắp ráp là một trong những tính năng chính của CAP3. Các ràng buộc được sử dụng để liên kết các đường viền được phân tách bằng các khoảng trống, ví dụ: khi các đường viền quá gần nhau để tạo thành một chuỗi duy nhất. Tính năng này hữu ích cho trình hoàn thiện trình tự và có thể là yếu tố chính để đảm bảo kết quả chất lượng cao.

Các ràng buộc có thể được sử dụng để hiệu chỉnh các đường viền, nhưng thuật toán trong CAP3 rất chịu được các ràng buộc sai. Điều này là do phân phối subclone được phân phối ngẫu nhiên và không chắc rằng đủ số lượng ràng buộc sai có thể hỗ trợ một cách nhất quán cho một tổ hợp chính xác.

Thực hiện giàn giáo với CAP3 và PHRAP

Chúng tôi đã đánh giá hiệu suất của CAP3 và PHRAP trên bảy bộ dữ liệu BAC với các mức độ bao phủ khác nhau (S.-P. Yang, pers. comm). Cả hai chương trình đều có thể xây dựng giàn giáo trên các tập dữ liệu với các ràng buộc tiến-lùi. CAP3 thường tạo ra ít lỗi hơn trong trình tự đồng thuận so với PHRAP, nhưng điều này không phải lúc nào cũng đúng.